資本金の額等が5億円以上の法人の100％子法人は、次の中小企業特例措置は適用しないこととなりました。

イ　軽減税率

ロ　特定同属会社の特別税率の不適用

ハ　貸倒引当金の法定繰入率

ニ　交際費等の損金不算入制度における定額控除制度

ホ　欠損金の繰戻しによる還付制度

 100％グループ内の内国法人からの受取配当については、全額益金不算入とし、負債利子控除を適用しないこととなりました。

 100％グループ内法人間で一定の資産を移転したことにより生ずる譲渡損益については、課税を繰り延べることになりました。

 100％グループ内法人間で非適格株式交換等が行われた場合、完全子法人の有する資産を時価評価制度の対象から除外することになりました。

 100％グループ内法人間の寄附金について、支出法人において全額「損金不算入」とするとともに受領法人は全額「益金不算入」とすることになりました。

 100％グループ内法人間で現物配当を行った場合、譲渡損益の計上を繰り延べることになりました。この際、源泉徴収等は行わないこととされます。 　

 100％グループ子法人の株式を親法人に譲渡する等の場合、譲渡損益を計上しないことになりました。 　

 連結納税の開始又は連結グループへの加入に伴う資産の時価評価制度の適用対象外となる連結子法人のその開始又は加入前に生じた欠損金を、その個別所得金額を限度として、連結納税制度のもとで繰越控除の対象とすることになりました(22年4月1日以後開始事業年度から適用)。

 連結納税の承認申請書の提出期限が、適用しようとする事業年度の開始の日の3月前の日となりました(22年10月1日から適用)。

 事業年度の中途で連結親法人との間に完全支配関係が生じた場合、加入日以後最初の月次決算日の翌日を効力発生日とすることになりました(22年10月1日から適用)。

 連結納税開始又は連結グループ加入後2月以内に連結グループから離脱する法人の有する資産を、時価評価の対象から除外することになりました(22年10月1日から適用)。 　

  特殊支配同族会社における業務主宰役員給与の損金不算入制度は、平成22年4月1日以後終了事業年度から適用されないことになりました。

  なお、個人事業主との課税の不均衡の是正と、「二重控除」の問題を解消するための抜本的措置が、平成23年度税制改正で講じられる予定です。

  中小企業投資促進税制の適用期限が平成24年３月31日までの2年間延長されました。

  中小企業者等の少額減価償却資産の取得価額の損金算入の特例の適用期限が平成24年３月31日までの2年間延長されました。

  交際費等の損金不算入制度について、その適用期限が平成24年３月31日までの2年間延長されるとともに、中小法人に係る損金算入の特例の適用期限が平成24年３月31日までの2年間延長されました。

  中小企業等基盤強化税制が拡充され、資本金等が1億円以下の法人による仮想化ソフトウェア等を含む情報基盤強化設備等の取得に係る措置が追加されました。

  情報基盤強化税制がその適用期限である平成22年３月31日をもって廃止されました。